Entre France et Espagne

Le retour de Perpignan dans le royaume d'Aragon entraîna la ville dans une période de déclin, aggravé par l'épidémie de peste noire qui décima sa population en 1348. En 1408-1409, la situation privilégiée de la cité en bordure de la Méditerranée, ses défenses militaires et le soutien apporté par le roi d'Aragon à l'antipape Benoît XIII lui valurent néanmoins d'accueillir à l'initiative de ce dernier un concile organisé pour tenter de trouver une solution au Grand Schisme d’Occident. En 1415, après la renonciation du pape de Rome Grégoire XII et la révocation de l'antipape de Pise Jean XXIII, une nouvelle rencontre réunit à Perpignan Benoît XIII, Ferdinand Ier, roi d'Aragon et Sigismond, roi de Hongrie et des Romains. Les deux derniers tentèrent sans succès de faire abdiquer le premier, très affaibli politiquement.

En 1462, le traité de Bayonne, signé par Jean II, roi d'Aragon, et Louis XI, roi de France, entraîna la cession au second des droits du premier sur les comtés de Roussillon et de Cerdagne, en échange d'une aide militaire dans la guerre civile catalane. Occupée par la France à partir de 1463, Perpignan se souleva en 1473 mais finit par céder deux ans plus tard suite à un long siège qui lui valut l'attribution par les rois d'Aragon du titre de «Fidelissima». En 1493, le roi de France Charles VIII, désireux de se concentrer sur les guerres d'Italie, restitua par le traité de Barcelone le Roussillon et la Cerdagne aux rois catholiques d'Espagne.

Les fortifications de Perpignan furent fortement remaniées à partir des années 1530, sous les règnes de Charles Quint puis Philippe II. Plusieurs portions de remparts furent rectifiées pour les rendre plus rectilignes en abandonnant les tours semi-circulaires au profit de bastions et une citadelle fut élevée autour de l'ancien palais royal. La ville résista au siège mené par le futur roi de France Henri II en 1542 mais dut s'incliner exactement cent plus tard après dix mois de siège face aux troupes de Louis XIII soutenues par les Catalans insurgés contre le roi d'Espagne. En 1659, le traité des Pyrénées scella la partition de la Catalogne et le rattachement de Perpignan à la France avec le comté de Roussillon et une partie de celui de Cerdagne.