Les différents remaniements des fortifications de Perpignan causèrent tour à tour lʼapparition et la disparition de sources. Lʼeau des canaux, en particulier celui dit de Perpignan, ne suffisant plus à compenser la hausse de la population, on commença à creuser des puits dʼune dizaine de mètres de profondeur munis de pompes. Il en existe encore deux, même si on les a modifiés : la fontaine des Potiers près de la place Cassanyes et celle du Mas Saint-Jean, à proximité de la cathédrale.

On trouvait notamment des fontaines près des monuments religieux. Il existe par exemple sous le patio du couvent des Minimes un ancien mikvé, bain rituel juif du XIIe ou XIIIe siècle probablement destiné à lʼusage de lʼancienne synagogue. Dans le quartier Saint-Martin, la fontaine du même nom fut aménagée au XIIIe siècle à proximité de l’ancien couvent des Clarisses, aujourd’hui détruit. De même, la fontaine des Carmes fut réaménagée au XIVe siècle en même temps que l’église du même nom, qui s’effondra partiellement suite à un incendie ayant eu lieu pendant la guerre en 1944. Cette fontaine, située en sous-sol derrière le chevet de l’église, était constituée dʼun bassin souterrain surmonté dʼun bas-relief (XIVe siècle).

Au XVe siècle, plus précisément en 1431, fut créée la fontaine de lʼHôpital, composée de trois vasques de marbre superposées. Installée à lʼépoque dans lʼancien hôpital situé à proximité de la cathédrale et détruit au début du XXe siècle, elle fut ensuite déplacée au Vernet dans le nouvel hôpital puis sur la place Gambetta, devant la cathédrale dans les années 1970. Au cours du XVe siècle fut également créée la fontaine Na Pincarda. Les deux fontaines précédemment citées étaient reliées à une source située près de la porte de Canet (actuelle place Cassanyes) par un réseau de canalisations, qui était également relié à la fontaine des Carmes. Autre vestige du Moyen-Âge, la fontaine abreuvoir, près de lʼéglise La Réal et de lʼancienne halle au Blé permettait aux animaux de sʼabreuver.

La fontaine dʼAmour fut vraisemblablement aménagée en lʼan 12 du calendrier républicain, cʼest à dire en 1803 ou 1804 de notre calendrier, comme l’indique la plaque qui la surmonte. Située dans le quartier Saint-Martin et alimentée par les eaux du Ganganell, elle était à lʼorigine composée de trois fontaines distinctes.

Afin de compléter lʼapprovisionnement de la population, la nappe superficielle se révélant insuffisante, on commença à partir des années 1830 à construire des puits artésiens. Plus profonds, ils utilisaient la pression afin de permettre lʼaccès à lʼeau contenue dans les nappes plus profondes, à environ 150 mètres en dessous du sol, de remonter à la surface. À la même époque, le baron Desprès, maire de Perpignan pendant une dizaine dʼannées, fit ériger à ses frais la fontaine qui porte son nom. Située à lʼorigine sur la place Royale, actuelle place de la République, elle fut ensuite déplacée dans le jardin Terrus, en bordure de la Basse puis sur la place Bardou-Job, où elle est toujours installée.

À partir des années 1870, le britannique Richard Wallace commença à faire implanter à Paris, durement touchée par la guerre contre la Prusse, les points dʼeau publics qui portent aujourd'hui son nom. Construits en série selon quatre modèles, ils furent par la suite implantées dans dʼautres villes de France et du monde. Lʼun dʼentre eux est visible place Bodin de Boismortier, en bordure de la rue des Trois Journées. La construction du réseau dʼeau de la ville ne débuta elle qu'en 1885.

Au XXe siècle, de petits canaux traversaient encore le centre-ville. Lʼun dʼentre-eux passait par la place du pont dʼen Vestit, où lʼon trouvait une fontaine, aujourdʼhui disparue, qui était surmontée dʼun buste de Marianne. En 1899, le sculpteur Jean-Baptiste Belloc reçu la commande d’une statue destinée à orner une fontaine du square Bir-Hakeim. Installée en 1905 et réalisée en marbre, cette allégorie de la vigne et du vin est intitulée «Le Printemps et Bacchus». Quelques années plus tard, précisément en 1912, fut installée en surplomb d'un bassin dans le patio de l’Hôtel de Ville «La Méditerranée», parfois également nommée «La Pensée», une œuvre du sculpteur Aristide Maillol.

Dans les années 1970, lʼingénieur de la ville de Perpignan, René Garros procède au réaménagement de plusieurs fontaines de la ville. La place de la Révolution Française voit ainsi son puits artésien creusé en 1846 doté dʼune structure en fer forgé. Lʼeau sʼécoule par une sculpture en forme de salamandre dʼoù le nom de fontaine «à la salamandre». Il conçoit également la fontaine «aux grenouilles» pour orner la place des Orfèvres, en bordure de la rue de lʼArgenterie et du palais des Corts. Il réutilise pour cela une colonne en marbre rose surmontée de trois grenouilles provenant dʼune ancienne fontaine aujourdʼhui détruite.

Aujourdʼhui encore, au gré des aménagements urbains, de nouvelles fontaines sont créées ou réaménagées, telles la fontaine Planes Vila sur les allées Maillol. De plus, tous les ans, l’ensemble des fontaines du centre-ville sont fleuries un samedi autour du 23 avril à l’occasion de la Sant Jordi.